Es dudosa la afirmación del ministro del Interior Mario Fernández acerca de que en 2002, cuando Juan Emilio Cheyre fue designado comandante en jefe del Ejército,  “no había antecedentes” de que integró consejos de guerra tras el 11 de septiembre de 1973.

Existe una publicación de la Vicaría de la Solidaridad del año 1990, titulada Jurisprudencia. Delitos contra la Seguridad del Estado, en que se compila información sobre consejos de guerra durante la dictadura. Allí aparece el nombre del teniente Juan Emilio Cheyre integrando, por lo menos, cuatro de ellos. En el tomo 2, páginas 230, 232, 234 y 239, es mencionado el militar. Los delitos que juzgó fueron, entre otros, porte de armas no autorizado, incitación al “derrocamiento” del gobierno y realización de reuniones conspirativas.  Las penas que se leen para los inculpados en estos consejos de guerra fueron desde un par de meses a 10 años y un día de presidio.

La información es pública y accesible online en  el sitio www.archivovicaria.cl

Este año se inculpó a Cheyre como cómplice de torturas a un opositor político en octubre de 1973 y cómplice del asesinato de 15 personas. En ese entonces era teniente del regimiento Arica de La Serena, donde aterrizó la temida Caravana de la Muerte.